Сериал повествует о далёком будущем, где людей наделили с помощью генной инженерии сверхспособностями. Сделала это корпорация Геном Икс, желавшая создать идеальных суперсолдат. Но затем лидер проекта, Мэйсон Экхарт, решил уничтожить этих мутантов, считая их опасными для своей компании. Адам Кейн, главный биогенетик Генома Икс, решил спасти мутантов, считая что должен сберечь их, как своих детей. В результате сформировалась команда Мутанты Икс, призванная защитить других мутантов-изгоев от Экхарта и сражаться с Геномом Икс. В неё вошли четверо молодых мутантов и сам Адам.