Второй сезон начинается прямо там, где закончился предыдущий: Кларк Кент пытается справиться с последствиями торнадо, что накрыли недавно Смолвиль. Что самое волнующее, в этом сезоне Кларк наконец-то узнает, кто он такой и откуда пришёл (и поделится этим секретом только с родителями и Питом). Также ему приходится признать наличие некоего «прописанного» для него будущего – того, что устроил его биологический отец. Эти планы могут круто поменять жизнь самого Кларка и всех его близких! Не оставлена без внимания и личная жизнь персонажей – так, Кларк всё больше сближается с Ланой Лэнг, что ставит под угрозу его дружбу с Хлоей.