Третий сезон охватывает внутреннюю борьбу Кларка с планами, которые построил на счёт его будущего родной отец будущего Супермена – Джор-Эль. К тому же, Кларк мучается чувством вины за ту цену, что Джонатан заплатил за его возвращение в Смолвиль после недавнего побега. Лекс Лутор тем временем справляется с нервным срывом и психическими проблемами на… необитаемом острове. Питу становится тяжеловато хранить тайну Кларка, а отношения последнего с Ланой заходят в мрачный тупик. Кроме того, любителям оригинальных комиксов этот сезон непременно запомнится, ведь тут появились такие персонажи как Перри Вайт, Морган Эдж, Мэгги Сойер.